Die heutige Stephanskirche geht in ihrer Substanz auf den Neubau nach den Schwedenkriegen zurück; sie wurde 1681 geweiht. Eine wichtige Bedeutung für die Stadtgeschichte erhielt die Kirche, als 1789 die Innenstadtfriedhöfe gänzlich aufgehoben und auf den neuen Gottesacker übertragen wurden. Dazu musste der südliche Friedhof erweitert und zu Beginn des 19. Jahrhunderts nochmals vergrößert werden. Die Stephanskirche gehört schon immer als eigenständige Seelsorgestelle zur Münchener Mutterpfarrei St. Peter.
Das äußere wie das innere Erscheinungsbild sind leider nicht in allen Teilen im Original erhalten geblieben. Der Chorraum mit Renaissance-Stuck und die drei Barockaltäre gehören zur ursprünglichen Ausstattung. Auch birgt die Kirche herausragende Schätze, wie etwa das bemalte Georgs-Fenster aus dem Jahre 1525. Insgesamt verweist die theologische und künstlerische Konzeption der Kirche als Alt-Münchener Friedhofskirche auf die Hoffnung und den Glauben christlichen Lebens. Der Mensch ist nicht für den Tod bestimmt, sondern für das Leben - hier und jetzt wie am Ende der Tage.
